Portugal mantinha laços fortes e duradouros com as suas colónias africanas, quer como mercado para os produtos manufaturados portugueses quer como produtoras de matérias primas para a indústria portuguesa. Muitos portugueses viam a existência de um império colonial como necessária para o país ter poder e influência contínuos. Mas o peso da guerra, o contexto político e os interesses estratégicos de certas potências estrangeiras inviabilizariam essa ideia.
Apesar das constantes objecções em fóruns nacionais, como a ONU, Portugal mantinha as colónias, dizendo considerá-las parte integral de Portugal e defendendo-as militarmente. O problema surge com a ocupação unilateral e forçada dos enclaves portugueses de Goa, Damão e Diu, em 1961.
Em quase todas as colónias portuguesas africanas – Moçambique, Angola, Guiné, São Tomé e Príncipe e Cabo Verde – surgiam entretanto movimentos independentistas, que acabariam por se manifestar sob a forma de guerrilhas armadas. Estas guerrilhas não foram facilmente contidas, conseguido controlar uma parte importante do território, apesar da presença de um grande número de tropas portuguesas que, mais tarde, seriam em parte significativa recrutadas nas próprias colónias.
Os vários conflitos forçavam Salazar e o seu sucessor Caetano a gastar uma grande parte do orçamento de Estado na administração colonial e nas despesas militares. A administração das colónias custava a Portugal um pesado aumento percentual anual no seu orçamento e tal contribuiu para o empobrecimento da economia portuguesa: o dinheiro era desviado de investimentos infra-estruturais na metrópole. Até 1960 o país continuou relativamente frágil em termos económicos, o que aumentou a emigração para países em rápido crescimento e de escassa mão-de-obra da Europa Ocidental, como França ou Alemanha. O processo iniciava-se no fim da Segunda Guerra Mundial.
